Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Palopo pada awalnya berdirinya dikenal dengan Fakultas Ushuluddin dengan status filial dari IAIN Alauddin di Ujung Pandang yang dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No. 168 Tahun 1968 tanggal 27 Maret 1968. Transformasi kelembagaan Fakultas Ushuluddin filial IAIN Alauddin Ujung Pandang terjadi melalui peningkatan status dari Fakultas Cabang menjadi Fakultas Madya dengan sebutan Fakultas Ushuluddin IAIN Alauddin di Palopo berdasarkan SK Menteri Agama RI No. 65 Tahun 1982. Selanjutnya status kelembagaan Fakultas Ushuluddin IAIN Alauddin di Palopo beralih menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Palopo berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 11 Tahun 1997.
Setelah beralih status menjadi STAIN Palopo, terjadi perubahan yang signifikan pada tata kelola administrasi, kebijakan, dan sumber daya manusia. Demikian pula dengan bidang akademik sebagai sentra penyelenggaraan pendidikan tinggi juga mengalami perubahan yang signifikan. Jurusan dan program studi mengalami peningkatan yang signifikan. Selanjutnya, STAIN Palopo beralih status kelembagaan menjadi IAIN Palopo berdasarkan Peraturan Presiden RI No. 141 Tahun 2014. IAIN Palopo yang usianya memasuki tahun ke-55 terus mengalami peningkatan signifikan dalam tata kelola penyelenggaraan pendidikan tinggi. Beberapa indikator peningkatan kapasitas kelembagaan IAIN Palopo antara lain:
Meningkatnya kualitas dan kuantitas sumber daya manusia dosen (pendidik) dan tenaga kependidikan;
Semakin berkembangnya unit-unit kerja dalam lingkup IAIN Palopo seperti terbentuknya 4 Fakultas dan 1 Program Pascasarjana, LPM, LPPM, SPI, TIPD, dan UPT Perpustakaan;
Bertambahnya jumlah Program Studi yang dikelola; dan
Semakin meningkatnya jumlah mahasiswa setiap tahun.